目前普遍使用的是铝和铁的化合物凝聚剂。主要利用铝盐和铁盐的胶体化学性质，在水中形成胶体粒子，对藻类产生凝聚作用，进而沉淀回收。通常胶体粒子表面电荷越少，凝聚作用越强。聚氯化铝(PAC)和酪蛋白絮凝泡沫分离法可回收去除微细藻类，去除藻类效果极高，而且可短时间(10min)回收去除。在其最佳的药剂注入条件下，可回收去除悬浊液中97%的铜绿微囊藻、月牙藻属及蛋白核小球藻。使用的药剂AL和酪蛋白的残留物均以泡沫的形式回收，并且无污染。某科研工作者通过用自制聚硅硫酸铁、聚硅氯化铁、聚合氯化铁铝等高效混凝剂对武汉三个典型湖水进行了混凝除藻实验，发现聚合氯化铁铝除藻效果最好，其中叶绿素浓度为200-300ug/L的湖泊水去除率可达99.8%，加入助凝剂和氧化剂后，去除率明显提高。
微生物絮凝剂是一种由微生物产生的具有絮凝功能的高分子有机物，主要有利用微生物细胞的絮凝剂、利用微生物细胞壁提取物的絮凝剂和利用微生物细胞代谢产物的絮凝剂二种类型，利用微生物本身或产生的多肤、醋类、糖蛋白、粘多糖、纤维素和核酸等作絮凝剂，可以对包括藻类在内的大多数微生物产生絮凝作用，且对环境无二次污染。另外，也有报道采用天然粘土、沸石、水铝英石和腐殖酸作为絮凝物质的。
总的来说，该方法对藻类生物密集时极有效，作用时间短，利于藻类回收，对非藻类生物的影响也较直接杀灭法要小。同时还可消除水体其他悬浮物，净化水质。但仍存在一些缺点，如铁盐是藻类繁殖的促进物质，铝盐等也有一定的污染性。另外成本也较高，使得该方法的推广有一定的困难。